參考文獻和腳註中的問題是稿件編輯加工和校對等中最常見的，也是主編在統稿中重點注意的事項之一，尤其在各編寫人員不清楚全書到底使用那種統一方式時。現作簡單介紹。
參考文獻的目的是説明著述的科學依據，便於讀者查找，同時也體現對他人科研成果的尊重。參考文獻可集中列成參考文獻表，放在各章或論文集各篇文章之後，也可集中放在全書之後。所列參考文獻必須是作者在寫作時參考了的或引用了的他人成果，一般只列出公開出版的文獻。
一般允許作者用兩種方式列出參考文獻，即順序編碼制(温哥華體系)和“著者-年代”制(哈佛體系)。詳見“參考文獻表的編排”。以上兩種編碼制可任選其一，但不得混用。
1、腳註
為了不影響讀者閲讀，將行文中一些需要特別説明的內容作為腳註處理是恰當的。我社一般採用每頁重新編號的①、②、③、④……引入腳註。腳註註文放在當前頁的底部，由一條自左向右、長度為頁寬1/4、粗細為1磅的直線與正文分隔開。腳註註文使用6號(8pt.)“宋體+times new roman”或“方正書宋+times new roman”。
在word中腳註的插入方法為：
將光標置在應該出現腳註號的地方，然後點擊主菜單上的插入，在點擊下拉菜單上的“腳註和尾註”，在按下“選項”鍵，接下來選中“每頁重新編號”，再在“編號格式”下拉框中選擇“①，②，③…”，按下“確定”，再選擇“自動編號”，按下“確定”，光標就自動跳到腳註位置，這時便可以輸入腳註的文字了。
2、參考文獻的標註
參考文獻的標註體系有兩種，即順序編碼制(温哥華體系)和著者-出版年制(哈佛體系)。
2.1 順序編碼制(温哥華體系)
這種體系是按在正文中引用的文獻出現先後順序使用阿拉伯數字連續編碼，用方括號括注在文中提及的文獻著者或理論系統名的右上角。如：
博弈論[7]認為……
如果只提及引用內容而未提及著者，則括注在所引用文字羣的右上角。如:
根據遺傳學原理,可以推論出這種變異是受基因控制的,是可以遺傳的[8]。
如果所提及的文獻作為文字敍述中的直接説明語時，則應與正文平排,並且每個序號都應加上方括號。如:
紫色土壤主要分佈在我國西南地區(參見文獻[11]、[20]、[32])。
文中多次引用同一參考文獻，只在第一次出現時編排序號(在參考文獻表中也只出現一次)，其他處使用同一序號;如果多次引用的是同一參考文獻的不同頁的內容並標上了頁碼，則每次引用都應編排序號，參考文獻表中也要一一列出。
若某一問題使用了多篇文獻説明，這時將各文獻的序號在一個方括號內全部列出，中間加逗號，若遇連續序號，可在起訖序號中間加“~”表示。如：
這種變異往往發生在細胞的減數分裂時期[3, 5, 7~10]，但是為了……
2.2 著者-出版年制(哈佛體系).
這種參考文獻是由著者姓名與出版年代構成。標註方法是在被引用的著者姓名之後用圓括號標註參考文獻的出版年代。如：
徐道一(1983)認為，生物變革時期與太陽系在銀河系的運行軌跡可能有一定聯繫。
文中只提及所引用的資料內容而未提及著者，則在引文敍述文字之後用圓括號標註著者姓(中國人、朝鮮人、日本人等用漢字姓名的著者要用完整的姓氏和名字)和出版年代，兩者之間空一格，不用逗號。如：
孟德爾發現了一個很重要的現象，即紅、白花豌豆雜交後的所結種子第二年長出的植株的紅白花色比例為3:1(方宗熙 1962)。
引用同一著者在同一年份出版的多篇文獻時，出版年份之後用英文小寫字母a、b、c…加以區別，並用逗號隔開。如：
根據泰勒級數展開公式，我們很自然地假定在靠近平衡態時廣義生態力和廣義生態流之間是線性齊次關係(魯廷全 1988b, 1988a)。
引用有兩個以上同姓的著者的外文文獻，在姓氏後面加上名字的縮寫(首字母，大寫)，姓和名、名和年代之間空一格(不加逗號，不加縮寫點)，而兩個文獻之間用逗號隔開。如：
1971年初北半球平均雪被顯著增加，以及相伴的短波輻射吸收的減少是隨後異常天氣型出現的原因(kukla g j 1974, kukla h j 1976)。
引用多著者文獻時，只標註第一個著者，其後加“等”字，或與之同義的外文(“et al.”、“и др.”…)。如：
現代生態學研究的中心是生態系統的結構與功能以及人與生物之間相互作用的關係(馬世駿等 1990)。
生態學的現代品格是把一個意外的結果變成一個意料中的結果，把一個偶然的事件變成一個當然的事件(harvey d et al. 1969 )。
同一處引用多篇文獻時，按出版年份由近到遠依次標註，文獻與文獻之間用逗號隔開。如：
遙相關研究(alliso et al. 1971, bjerknes 1969, doberitz 1969, doberitz et al. 1967)指出，兩種相反的流型……。
3、參考文獻表的編排
參考文獻中的著錄項目、標點符號及排列順序嚴格按如下範例套用。參考文獻表的排版樣式為：六號宋體+times new roman，首行不縮進，懸掛縮進16磅，行距最小12磅。
3.1 順序編碼制
各篇文獻要按正文標註的序號依次列出，序號前後不加任何符號，只在序號後用一空格與作者姓名隔開。
1. 專著
作者. 書名(包括副書名). 版本(第一版應略去). 出版地：出版者，出版年. 頁碼
作者. 文章名. 見：原出版物責任者. 原出版物名. 版本(第一版應略去). 出版地：出版者，出版年. 頁碼
如果是譯文，則應在文獻名後加上譯者姓名。
黑姆斯等. 生物化學. 王鏡巖等譯. 北京：科學出版社，XX. 365
2. 論文集
作者. 文章名. 論文集編者(其前加“見：”或“in:”). 論文集名. 出版地：出版者，出版年. 文章的起訖頁碼
3. 刊物
作者. 文章名. 刊物名稱，出版年，卷(期，部分)：文章的起訖頁碼
4.報紙
作者. 文章名. 報紙名稱，年-月-日(版面第次)
順序編碼制參考文獻
範例
1 中國科學院青藏高原綜合科學考察隊. 橫斷山區昆蟲：第一冊. 北京：科學出版社, 1992. 108
2 加德納 e j. 遺傳學原理. 楊紀珂等譯. 北京：科學出版社, 1987. 98
3 鍾文勤，周慶強，孫崇潞. 內蒙古草場鼠害的基本特徵及其生態對策. 見：草原生態系統研究 第一集. 北京：
科學出版社，1985. 64~71
4 abell b c. nucleic acid content of microsomes. nature, 1956(135): 7~9
5 張揆一. 一篇錯譯文章引起的風波. 新聞出版報, 1994-02-16(3)
3.2 著者-出版年制
凡正文中括注了著者姓名和年份的，其文獻都必須列入參考文獻表中。
參考文獻表各條目前一律不加序號，先按語種分類排列，排列順序是中文、日文、西文、俄文、其他文種。然後，中文和日文按著者的姓氏筆畫數、筆順(一、丨、丿、ヽ、乛)順序排列(中文也可按漢語拼音字母順序排列)，西文和俄文按著者姓氏字母順序排列。
當一個著者有多篇文獻，有單獨署名的文獻也有與他人合寫而又是第一著者時，他單獨署名的文獻排在前面，並按出版年份的先後排列，接着排他與另一著者合寫的文獻，然後再排他與多人合寫的文獻。
著錄項目基本與順序編碼制相同，不同的是出版年代應緊排在編著者之後，並加實心句點。
1. 專著
作者. 出版年. 書名(包括副書名). 版本(第一版應略去). 出版地：出版者. 頁碼
作者. 出版年. 文章名. 見：原出版物責任者. 原出版物名. 版本(第一版應略去). 出版地：出版者. 頁碼
如果是譯文，則應在文獻名後加上譯者姓名。如：
黑姆斯等. XX. 生物化學. 王鏡巖等譯. 北京：科學出版社. 365
2. 論文集
作者. 出版年. 文章名. 論文集編者(其前加“見：”或“in:”). 論文集名. 出版地：出版者. 文章的起訖頁碼
3. 刊物
作者. 出版年. 文章名. 刊物名稱，卷(期，部分)：文章的起訖頁碼
4. 報紙
作者. 年-月-日. 文章名. 報紙名稱，(版面第次)
著者-出版年制範例
中國科學院青藏高原綜合科學考察隊. 1992. 橫斷山區昆蟲: 第一冊. 北京: 科學出版社. 108
達爾文. 1896. 同種植物的不同花型. 葉篤莊譯. 1996. 北京: 科學出版社. 102
鍾文勤，周慶強，孫崇潞. 1985. 內蒙古草場鼠害的基本特徵及其生態對策. 見：草原生態系統研究 第一集. 北
京: 科學出版社. 64～71
anon. 1981. coffee drinking and cancer of the pancreas. br med j, 283: 628
bryan k. 1969. climate and the ocean circulation: iii the ocean model. mon wea rev, 97: 806～827
bryan k, cox m d. 1968. a nonlinear model of an ocean driven by wind and differential heating. j atoms sci, 25:
945～967
ross j. radiative transfer in plant communities. in: monteith j l, ed. vegetation and the atmosphere. vol 1. london:
academic press, 1975. 13～52
spar j. 1973a. transquatorial effects of sea-surface temperature anomalies in a global general circulation model. mon wea rev, 101: 554～563
spar j. 1973b. some effects of surface anomalies in a global general circulation model. mon wea rev, 101: 91～100
ущаков е п и др. 1987. водные ресурсы: рациональныи использование.москва б экономика. 89
3.3 編排注意事項
1. 編著者姓名以姓前名後列出，西文和俄文編著者姓全部錄入，名一般縮寫為首字母(大寫)，字母后不加縮寫點;如果用首字母無法識別該人名時，則宜用全名。
2.文獻編著者不超過三人時，可全部錄入;若超過三人時，則只錄入前三個，其後加“等”、“et al.”或其他語種相應的詞。編著者之間不得使用“和”、“與”、“and”等連詞，直接以逗號分開。
3.以組織或機構署名的文獻，則以組織或機構名稱作為編著者，為避免混淆，一般不用簡稱或縮寫。
4.編著者不明的文獻，編者項應註明“佚名”或其他語種與之相應的詞(如anon.)。凡採用順序編碼制的參考文獻可省略此項，直接錄入題名。
5.編錄外文文獻時，大寫字母的使用要符合文獻本身所使用文種的習慣用法。英文文獻虛詞(如冠詞a，an，the，連詞and，介詞in，with等)應小寫，實詞應大寫。
6.外文期刊刊名可列出全名，也可列出慣用的縮寫刊名(縮寫詞可加縮寫點;也可不加縮寫點，詞與詞之間空一格。全書應保持一致)。只有一個詞的刊名不能縮寫。
期刊只列出卷號，不必標“卷”或“vol.”等;如果是分捲圖書，則應加“卷”或“冊”或“vol.”或其他語種相應的詞(外文縮寫詞不加縮寫點，首字母大小寫應全書統一)。
7.參考文獻中的版次、卷、期、頁碼等數字一律用阿拉伯數字表示。版次中中文版次著錄為“第2版”、“第3版”……(第1版不必列出)，西文文獻的版次著錄為“2nd ed.”、“3rd ed.”或其他語種的相應詞。
8.日文文獻中的漢字應用日文漢字。西文文獻一般應使用正體而非斜體。英文標點符號後務必使用1/4空格與後面的單詞分開。
各種圖書文獻和期刊名稱不得附加[m]、[j]等文獻類型符號。著者-年代制編排的參考文獻條目前不得加阿拉伯序號。
word中個別日文漢字的輸入方法是：
單擊word菜單上的“插入”→單擊下拉菜單上的“符號”→在出現的窗體上的“字體”框中選擇“標準字體”(對word 97來説是“宋體”)，在子集中選擇cjk統一漢字(對word 97 來説是“部首和難檢字”)→在出現的字符集中找到應該選用的日文漢字後雙擊或按下“插入”按鈕即可(該窗口可以不關閉，以便繼續插入)。
9.所應用的參考文獻若已譯為其他語種，正文中標註和參考文獻表中只照錄作者引用的那一種語種(無論是原版還是譯本)。例如，在參考文獻表中有中譯本的文獻，如果作者直接引用的是原版，則只著錄原文而不必譯出;若引用的是中譯本，則只著錄中譯本並加上譯者姓名而不必附原文。
11.參考文獻表中，下一條的編著者、出處或其他項目與上一條相同時，應重複列出，不得用“–––”、“同上”、“同一出處”等或類似的詞、符號表示。
12.當某文獻有多個出版地時，只收錄一個處於顯要位置的出版地;出版地不明時宜在出版地一項處用方括號括注“出版地不詳”或與之相應的詞(如s. l.)。
13.文獻有多個出版者時，只著錄一個處於顯要位置的出版者;出版者不明時宜在出版者一項處用方括號括注“出版者不詳”或與之相應的詞(如s. n.)。
14.考慮到許多作者的習慣，編輯部允許作者在全書統一的前提下對以上外文文獻的編排方法做以下變通：
(1) 圖書、期刊以及學位論文名稱使用斜體，論文名稱、章節名稱使用正體。
(2) 縮寫編著者者的名時使用縮寫點，多個編著者之間(兩個編著者之間或三個編著者時在第二個編著者和第三個編著者之間)使用and連接。
(3) 以逗號而非句點分隔文獻的各部分。如
gardiner, g. d, and donahue, j., 1985, the little platte drainage, missouri: a model for locating temporal surfaces in a fluvial environmnet, in: stein, j. k. , and farrand, w. r. , eds., archaeological sediments in context, center for the study of early man,institute for quarternary studies, university of marine, orono, pp. 69-90
dick, w., tabatabai, m. a., and eidt, r. c., 1977, an alkaline oxidation method for determination of total phosphorus in soils, soil science society of america journal 41:511-514.