醫學論文參考文獻的著錄格式通常採用順序編碼制。順序編碼制已作為我國國家標準gb/t7714-XX(《文後參考文獻著錄規則》)引用參考文獻的統一著錄格式。我國絕大多數醫學生物學期刊引用參考文獻的著錄格式均採用“順序編碼制”。順序編碼制是按論文的正文部分(包括圖、表及其説明)引用的文獻首次出現的先後順序連續編碼，參考文獻的序號均用阿拉伯數字標明。在正文內引用是將序號標註於有關詞組或段落相應處的文句後方，採用上標形式置於右上角方括號內，引文寫出原著者，序號標在著者的右上角，如×××等[1];如未寫著者姓名，序號應放在引文之後。書寫時要注意對2篇以上不連續序號以逗號“，”隔開，比如用[1，5]，[1，3，7]的方式;對3篇以上連續的序號，只標註引用文獻始末的編排序號，中間使用起止“-”連起，比如以[1-5]方式標註。
參考文獻的著錄格式除採用順序編碼制外，還有一種著者-出版年制，即引用的參考文獻的著錄內容由著者姓名與出版年構成，文後參考文獻表中的各篇文獻首先按文種集中，然後按文獻著者姓名的字符順序排列，並應緊接着著者標註文獻出版年份。中文文獻按筆畫、筆順或漢語拼音字順排列。但該種著錄格式在醫學期刊中已基本不用。
範例：
(一)順序編碼制
正文與引文：
關於主題法的起源眾説不一。國內有人認為“主題法檢索體系的形成和發展開始於1856年英國克雷斯塔多羅(crestadoro)的《圖書館編制目錄技術》一書”，“國外最早採用主題法來組織目錄索引的是杜威十進分類法的相關主題索引……”[1]。也有人認為“美國的貝加遜·富蘭克林出借圖書館第一個使用了主題法”[2]。國外對主題目錄發展歷史的一些研究表明，主題法的產生與索引的編制有着密切的關係。美國學者布薩()認為，“可能早在七、八世紀就已經有了聖經語句的索引”[3]。美國惠蒂認為，“附有按字母順序排列的索引的手稿，至早在十四世紀才出現”[4]。由於西文中以詞而不以字母為單位，所以這種聖經語詞索引可以説是一種從內容方面進行查找的主題索引的雛形。目前符合公認標準的最古老的索引是1247年英國雨果編的《聖經重要語詞索引》[5]。
參考文獻
[1] 劉湘生. 關於我國主題法和分類法檢索體系標準化的淺見.北圖通訊，1980，(2)：19-23.
[2] 揚沛霆，趙連城. 建立檢索系統的幾個問題(初稿).北京：中國科技情報研究所，1963.
[3] borko h，charles l xing concept and york：academic press，1978.
[4] 武漢大學圖書館學系編.目錄學研究資料彙輯：第四分冊外國目錄學.武漢：武漢大學圖書館學系，1980：173-178.
[5] pettee j. subject headings：the history and theory of the alphabetical subject approach to york：wilson, 1946.
(二)著者-出版年制
正文與引文：
關於主題法的起源眾説不一。國內有人認為“主題法檢索體系的形成和發展開始於1856年英國克雷斯塔多羅(crestadoro)的《圖書館編制目錄技術》一書”，“國外最早採用主題法來組織目錄索引的是杜威十進分類法的相關主題索引……”(劉湘生，1980)。也有人認為“美國的貝加遜·富蘭克林出借圖書館第一個使用了主題法”(楊沛霆，1963)。國外對主題目錄發展歷史的一些研究表明，主題法的產生與索引的編制有着密切的關係。美國學者布薩()認為，“可能早在七、八世紀就已經有了聖經語句的索引”(borko，1978)。美國惠蒂認為，“附有按字母順序排列的索引的手稿，至早在十四世紀才出現”(武漢大學圖書館學系，1980)。由於西文中以詞而不以字母為單位，所以這種聖經語詞索引可以説是一種從內容方面進行查找的主題索引的雛形。目前符合公認標準的最古老的索引是1247年英國雨果編的《聖經重要語詞索引》(pettee，1946)。
參考文獻
劉湘生.1980.關於我國主題法和分類法檢索體系標準化的淺見.北圖通訊，(2)19-23.
武漢大學圖書館學系編.1980.目錄學研究資料彙輯：第四分冊外國目錄學.武漢：武漢大學圖書館學系.173-178.
楊沛霆，趙連城.1963.建立檢索系統的幾個問題(初稿).北京：中國科技情報研究所.
borko h，charles l xing concept and methods. new york：academic press.
pettee ect headings：the history and theory of the alphabetical subject approach to york：wilson.