醫學論文由前言(引言)、臨牀資料(資料與方法)、結果、討論等組成。各部分應妥善安排，即明確分工，避免重複，又互相配合，防止遺漏。正文內的小標題層次分配國內各刊使用不一，本刊要求為1,1.1、1.1.1、(1)、①，可以跳檔使用。本刊正文亦主要分為前言、臨牀資料(資料與方法)、結果、討論等四個層次，也即為四個段式的格式。相當一部分醫學論文都有參考文獻，其附在全文結束後，順序應以右上角碼的形式標註在文內相印處(即引用文獻處)。
引言(前言)
是醫學論文開篇的一段短文，主要介紹本文的背景、理論依據、論文的範圍目的與工作的收穫、結果、意義等。可根據論文的需要或長或短。要求言簡意賅，點明主題。
臨牀資料(資料與方法)
是論著的主要內容，包括實驗對象、器具、採用什麼方法、多少病例(男多少、女多少)、如何分組、診斷手斷、依據、治療方法(用藥)、療效標準、觀察及隨訪時間等等。應説明資料來源的時限、年齡、性別、職業的可比性。因此，描述材料和方法以使讀者能進行重複為度，過分簡略固然不行，過分詳盡也無必要。
結果
醫學論文的中心部分。即實驗研究、臨牀研究、分析觀察、調查的各種資料和數據，進行分析、歸納，經必要的統計學處理後所得的結果。這是決定論著質量是否嚴謹，數據是否準確可靠，要求高度真實和準確，實事求是的撰寫。失敗就是失敗，成功就是成功，不要人為地誇大成功率，且要消滅統計方面的誤差。
討論
即將所得結論或研究結果，從理論上進一步認真分析。科學的推論和評價，證實所得結果的可靠性，闡明具有科學性、先進性的論據，從而取得大家的公認。
當然，一篇文章通常只討論其中的某些方面，不可能面面俱到。重要的是，討論必須緊緊扣住該文的研究結果，突出自己的新發現與新認識。有的醫學論文討論部分只是重複過去的文獻，甚至抄襲某些專著和教科書的內容，這就失去了討論的意義。
討論的深淺、正確與否，很大程度上取決於掌握文獻的多少和分析能力。因此，必須瞭解本專業的近況及動向，才能比較客觀的得出正確的結論。
醫學論文的參考文獻
只限於自己閲讀過並引用的文獻(必須是公開發行的刊物)，按文內引用順序排列寫在文後，文內按1.2.3……順序在引用處標出右上角碼，如在右上角標註[1]或[1-3]或[1,4]最好是着重引用近年的(3-5年)期刊文獻。醫學論文參考文獻的書寫格式多采用温哥華式。
刊物:作者(兩位作者可一併列上，中間加逗號;三位作者或以上，可只寫第一作者，後加逗號及等)，文題列於作者後(有的刊物略去文題)，然後順序列出刊物名稱、年份、卷(期):起迄頁。