為使觀點和材料能在一篇文章中得到有機的統一，必須設置一個能把觀點和材料包括進去的邏輯框架，這個邏輯框架就是文章的結構。簡單的説，結構即文章的內部構造，安排結構即謀篇佈局，設定文章的總體格局。
安排論文的結構，主要應當做好以下兩項工作：
1、確定結構程序
所謂結構程序，是指構造文章的步驟，或者説是指文章本身的基本構成模式。實用型文章大都有着比較固定的結構形式，學術論文也不例外。從文體類型的角度來看，學術論文是議論文的一種，而在議論文寫作中，作者的思路通常是循着提出問題、分析問題和解決問題的順序展開的，這一思路外化為文章的結構，就形成了文章的序論、本論、結論三大部，議論文的這種結構形式通常被人們稱為“三段論式”。“三段論式”是對所有議論文體的一般構成規律或者説結構特點的總結，因而也同樣適用於學術論文。
(1)序論
序論又稱前言、引言、引論、結論等，這是一篇論文的開頭部分。這一部分所寫的內容通常包括：
提出問題。這幾乎是所有的學術論文的序論部分都應包含的一項內容，序論部分的其他內容的表述也往往是圍繞着問題的提出的。系提供理論依據。
指明選題的背景、緣由、意義及研究目的等。
明確觀點，概括自己對問題的基本看法。
闡釋基本概念。文章的基本概念是指構成研究課題和論文的基本觀點的核心概念。為保證論題及論點的確定性、一致性，在序論部分可對基本概念的涵義加以闡釋。
指明研究方法或論證方法。在課題研究中，採用哪些值得注意的研究方法，或者在論文中將採用哪種比較獨特的論證方法，都可以在序論中寫明。
嚴格限定課題的範圍。有的問題是在一個特寫的範圍內被研究的，論文的序論部分也應對此作出説明，至少要把論文將着重探討問題的哪些方面或不準備涉及哪些方面，向讀者交待清楚。
此外，論文的序論部分還可以寫入其他一些內容，比如，如果是駁論式論文，則需要在序論中簡單評介對方的主要觀點，這也可以被看作這類論文提出問題的一種方式;如果論文的篇幅較長，則可以在序論中對本論部分的內容作一簡要的介紹，或對論證結果加以提示。
以上所例舉的幾項內容，在一篇論文的序論中一般不會全部涉及。論文作者可以根據自己的需要，有所選擇、有所側重地寫好其中的一項或某幾項內容。
(2)本論
本論是論文的主體部分，是對問題展開分析、對觀點加以證明的部分，是全面、詳盡、集中地表述研究成果的部分。
本論部分的篇幅長，容量大，一般不會只由一個層次或一個段落構成。不同的層次或段落之間有着密切的結構關係，按照層次或段落之間的結構關係的不同，可以把本論部分的結構形式分為並列式、遞進式和混合式三種。
並列式結構又稱橫式結構，是指各個小的論點相提並論，各個層次平行排列，分別從不同的角度、不同的側面對問題加以論述，使文章內容呈現出一種齊頭並進式的格局。
遞進式結構又稱縱式結構或直線式結構，是指由淺入深，一層深於一層地表述內容的結構方式。各層次之間呈現出一種層層推進、步步深入的邏輯關係，後一個層次的內容是對前一個層次的內容的發展，後一個論點是對前一個論點的深化。
所謂的混合式結構是把並列式同遞進式混合在一起的結構形式。與其內容的複雜性相適應，學術論文的結構形式也極少是單一的。有的文章的各大層次之間具有並列關係，而各大層次內部的段落之間卻具有遞進關係，或者在彼此之間具有遞進關係的大的層次的內部，包含着具有並列關係的段落，並列中有遞進，遞進中有並列;有的文章的各大層次之間所具有的結構關係就不是單一的，並列關係與遞進關係分別存在於文章不同的層次之間。
為使本論部分更有條理性，人們常在這一部分的各個層次之前加上一些外在的標誌，這些用以區分層次的外在標誌主要有序碼、小標題、序碼和小標題相結合及空行等幾種。
(3)結論
結論是一篇論文的收束部分。這一部分大致包括以下幾項內容：
提出論證結果。在這一部分中，作者可對文章所論證的問題及論證內容作一歸納，提出對問題的總體性看法、總結性意見。
指明進一步研究的方向。在論文的結論部分，有時作者不僅概括論證結果，而且還指出在該項課題研究中所存在的不足，提出還有哪些方面的問題值得人們繼續探討，以為課題的後續研究提供一個線索。
“提出論證結果”和“指明進一步研究的方向”是學術論文的結論部分常寫的兩項內容，其中，第一項內容“提出論證結果”通常是結論部分的基本內容。
此外，根據實際情況，還可以在論文的結論部分寫入其他一些內容，比如，如果論文所反映的研究成果具有較高的實用價值，作者還應寫明對研究成果的推廣與應用前景的展望，或就此提出具體建議。如果研究成果是帶有一定的突破性的，或者其意義及影響是不易為讀者所瞭解的，則有必要在結論部分對研究成果的意義及其可能產生的影響，作出實事求是的説明和估測。
序論、本論、結論三個部分前後相續、緊密銜接，是學術論文常見的結構程序，但也有的論文開篇便直接進入對問題的論證，結篇點題，揭示論旨，即只有本論、結論，而沒有一個相對獨立的序論部分;有的論文在序論中便概括全文的內容要點，出示論證結果，或在本論部分邊論述邊歸納，並不專門以結論的形式收束全文，文章只有序論、本論，而沒有一個獨立的結論部分。後面兩種結構程序可被看作序論→本論→結論這種結構程序的演化或變體。在論文的撰寫中，究竟採用哪種結構程序，要視寫作的實際需要而定。
2、擬定寫作提綱
在正式撰寫論文之前，以寫作提綱的形式把文章的結構反映出來，是提高文章質量的一個重要手段。
寫作提綱是作者整理思路，並使思路定型化的憑藉，是文章的邏輯關係視覺化的最好形式，它具有幫助思維、指導寫作的作用。人們常把寫作提綱比作文章的 “設計圖”，建造一座大廈，是離不開設計圖的，撰寫一篇論文，同樣也是離不開寫作提綱的。如果要寫的文章較短，結構也比較簡單，那麼只以打腹稿的方式安排結構，或許不會有什麼不便之處。如果要寫的是學術論文這類篇幅較長，結構也比較複雜的文章，光靠打腹稿就不能解決問題了。可以説，編寫寫作提綱是論文起草前的準備工作的不可缺少的一個環節。