原手工操作下不宜合併的崗位，採用電算化後可以合併，會計人員大大減少，致使這些原則的重要程度下降。再加上安全意識淡漠，對實行電算化後新的組織機構和崗位之間的相互制約、相互監督和相互控制機制不夠重視，“一身多職，越俎代包”現象嚴重，這使得計算機舞弊現象時有發生。
原始憑證數字化，易於偽造
在手工會計環境下，企業發生的經濟業務均用紙張記錄，這些數據如果被修改，很容易辨別出被修改過的痕跡。但是，在會計電算化系統中，數據被直接記錄在磁盤或光盤上，對數據修改可做到不留痕跡，這就給業務的記錄帶來了風險，計算機的存儲方式是將信息轉化為數字形式存儲在磁(光)介質上，因此極易被篡改甚至偽造而不留任何痕跡。這給一些不法之徒提供了機會，比如通過偽造或修改客户、銀行的憑證，製造虛假交易，進而侵吞公款等。
內部控制的程序化使得差錯反覆發生的可能性增大
電算化系統中內部控制具有人工控制與程序控制相結合的特點。電算化系統許多應用程序中包含了內部控制功能，這些程序化的內部控制的有效性取決於應用程序，如程序發生差錯或不起作用，由於人們依賴性以及程序運行的重複性，使得失效控制長期不被髮生，使用權系統“在特定方面發生錯誤或違規行為的可能性較大”。