這本書講述的是一個名叫瑪麗的小女孩從小就脾氣嬌縱，後來因為瘟疫父母不准她玩，然後她住進了姑父克拉文先生的米賽爾斯威特莊園。瑪麗從傭人瑪莎的口裏得知米賽爾斯威特莊園裏有一座神祕的花園，可是主人很恨那座花園所以就把花園給封鎖住了不讓任何人進去。
後來瑪麗在知更鳥的指引下找到了那座祕密花園的鑰匙進入了祕密花園，從那開始她的生活變的十分的有趣。後來在密碼花園裏瑪麗認識了迪肯。因為花園的美麗景色和迪肯的出現讓瑪麗也變得美麗，變得善良。他們用自己的勞動讓祕密花園重新甦醒。他們還將自己的温暖撒播出去……瑪麗和迪肯還幫助姑父的兒子柯林走出了陰影，變的強壯起來，促使父子倆的關係改善。