借款合同同借據既有相同點，又有區別，二者都是建立債權債務關係的依據，借款合同、借據成立(存在)，説明雙方當事人的債權債務關係的約定成立;並且，一般來説，在誠信原則指導下，債權債務關係也將實際成立和存在。但二者也存在着明顯的區別：
一、成立的方式不同
根據《合同法》，“合同是平等主體的自然人、法人、其他組織之間設立、變更、終止民事權利義務關係的協議”。“借款合同是借款人向貸款人借款，到期返還借款並支付利息的合同”。借款合同(書面)的成立，一般由雙方當事人協商一致後，雙方在合同上簽字(蓋章)，合同成立。一般情況下，合同成立後，再開始履行，成立同履行相分離。典型的銀行貸款即是按此操作的;也有個別約定合同成立即時履行的。
借據多用於民間借貸，根據民間借貸習慣，雙方當事人達成一致後，在即時履行的情況下，貸款義務方向對方支付借款，則對方立即向貸款方出示(成立)借據。即貸款方持有借據，證明貸款行為肯定發生。
可見，從成立方式上看，借款合同的成立不當然同合同義務的第一次履行(支付貸款)發生必然聯繫;但借據的成立必然同合同義務的第一次履行(支付貸款)發生聯繫。
二、 “持有”文書的法律意義不同
借款合同一般一式兩份，雙方當事人各持一份，從前述分析可知，持有借款合同，不當然具有證明約定義務是否履行(發生)的法律意義，只能證明合同成立(或生效)，證明雙方達成一致意見的具體內容。
借據，一般只由借款人寫就一份，並在支付貸款時向貸款人交付，所以，貸款人(債權人)“持有”借據，可以證明貸款人向借款人支付了貸款，證明借款人收到了該借款。
因此，“持有”借據同“持有”借款合同的法律意義是不一樣的，另外還可能發生另一種不一樣的法律意義，見下點。
三、對是否已經還款的證明作用不同
借款是要償還的，從理論上講，任何借款文書都應有償還時間(雖然實踐中有未明確的，但不等於不需要償還)持有借款合同或借據對於證明是否還款有不同的作用。
按照民間使用借據的一般操作程序，是在借款發生(交付)時，由債務人寫就、出具借據，並將借據交付給債權人持有。在債務人償還借款時，債權人將借據退還給債務人。
因此，債權人持有借據，還可證明：債務人尚沒有償還該借款。
如果借據上有明確的償還時間，則“持有”可分為償還時間前持有與償還時間後持有。在償還時間前“持有”，不能證明債務人違約;但如果過了償還時間，債權人仍持有該借據，可初步證明債務人沒有償還該借款，構成違約(當然，也不排除是因債權人違約原因而導致債務沒有履行，所謂“提存”正是為此設計的)因此，過了償還時間的債權人“持有”，一般還可作為自己主張的此種證明：即證明債務人違約。
借款合同，由於該合同的“持有”同合同義務履行不發生必然聯繫，因此，持有借款合同，不能夠用來證明債務人沒有償還借款，即使“持有”的時間已經在合同的約定還款時間之後，意圖憑該“持有”合同去證明債務人沒有償還債務而構成違約事實，也是站不住腳的。
四、結論
借款合同同借據存在着上述明顯的區別，其“持有”所代表的法律意義不盡相同，二者不應等同。不僅是借款合同，其他可以形成債權債務關係的合同，也與“借據”有着前述區別，在司法實踐中，不能把“借據”的作用、法律意義照搬照套到“xx合同”上去。
在司法程序中，債權人用持有“借據”來證明自己的下列主張，可以成立，盡到了證明責任，達到了自己應達到的證明標準。但是否據此定案，還應經質證和允許對方提出抗辯：1、借款已交付債務人;2、債務人沒有償還借款;3、債務人超出借據上約定的償還時間沒有償還構成違約(如果“持有”時的時間已過償還時間)經質證和抗辯後，如無相反證據(對方陳述除外)，司法機關應予支持其主張。
但債權人不能用持有“借款合同”去有效證明自己的上述主張。或者，可以用“借款合同”加“本人陳述”進行立案，進行舉證，但一旦對方當事人不予認可，則主張不應被司法機關支持。