事業單位的內部控制主要是指事業單位為了履行職能、實現整體目標而設立的一個管理體系，也是自我約束和規範的過程。在目前事業單位管理過程中，內部控制有着不可或缺的作用，而內部控制中所存在的問題嚴重影響了事業單位的工作效率。因此，完善事業單位內部控制具有很重要的意義。
一、事業單位內部控制中存在的問題分析
1.事業單位內部控制意識淡薄
內部控制意識是健全的內部控制制度以及有效實施的重要保證。在現今的許多事業單位中，許多領導或者負責人缺乏對內部控制的認識以及其在事業單位管理中的重要性的瞭解，進而不能夠建立起完善有效地事業單位內部控制制度，其中仍在很多不合理的地方。有些制度並沒有考慮自身單位的實際情況，在其內部控制中並不能有效地實施，進而導致在預算以及經費方面出現嚴重的問題，極易造成單位的經濟損失。
2.事業單位內部控制制度不完善
由於事業單位內部會計以及領導缺乏對會計控制制度的認識和重要性的瞭解，經常會使得會計控制制度不完善，起不到相應的作用。現今，事業單位的內部控制制度主要有以下三種形式，第一，事業單位內部並沒有會計控制制度，同時也不具備具體的實施規範，進而導致會計在處理相關事項時沒有規範的制度可依，存在一定的不確定性。第二，事業單位內部具備符合自身的內部控制制度，會在一定程度上，規範和監督事業單位內部的經濟財會行為，但是大多時候會由於其他的主觀因素或客觀條件不能得到很好的執行。第三，單位內部具有相關的控制制度，但還是會有一些措施不得當，造成不必要的麻煩。
3.事業單位人員缺乏應有的素養和職業道德水平
首先，無論是正規教育還是繼續教育，內部控制的內容都沒有被提到重要的位置，即便提到，所提及的內部控制的內容過於簡單，導致財務人員對內部控制知識掌握的較少，缺乏對內部控制制度的深層次瞭解。其次，相當多的財務人員主動學習意識不強，忽視對新知識的學習和更新，對新形勢下存在的風險缺乏應有的防範意識。個別人員的綜合素質不高、職業道德缺失，甚至出現貪污、挪用公款等現象，給單位和國家造成損失。
4.事業單位內部控制缺乏一定的執行力度
在事業單位中，要有效地實現內部控制是很困難的，一是因為制度的不完善，另一個重要的原因就是執行力相對薄弱。而導致控制執行力不足的主要原因就是對工作人員的崗位分配不當，內部業務的處理工作過於交叉複雜，相互過於分離，缺乏聯繫和協調、從而致使各部門不能很好地進行相互制約和監督。如果在一個工作環節上出了問題或差錯，那麼交接到下一個部門的工作人員就不能對其進行及時的糾正，進而對單位帶來嚴重的後果。
二、事業單位進行內部控制應遵循的原則
事業單位的內部控制是一個比較系統的工作。要實現有效的內部控制就要遵循以下幾個原則：
1.單位內部的協調配合
在單位的各項經營活動的處理中，不是單一的某個工作人員或者部門就能夠完成，它需要各個人員和部門進行相互協調和配合，在完成任務的過程中，也要相互進行制約和監督。對於不同的工作崗位和工作部門應該進行同步，每一項業務的辦理手續和流程的銜接都要足夠的緊密，避免執行事業單位的內部控制制度時，出現脱節的現象，保證事業單位內部業務處理的連續性和有效性。
2.單位內部工作崗位職責的明確
在事業單位的內部控制中，要按照平日業務活動的性質和功能類型，對工作崗位進行劃分，同時對其賦予相應的工作內容和職責權限，規定操作規程和處理手續，明確紀律規則和檢查標準，同時，保證不相容的崗位相互分離，確保不同崗位之間權責分明、形成相互協作、相互制約的機制。
3.成本效益原則
在對事業單位的內部控制制度進行設計時，要充分考慮單位本身的特質、管理水平、業務處理範圍等因素，要儘可能的設計出適合本單位的內部控制制度。此外，要估計實際情況，力求成本小，保證執行內部控制的成本低於由此所產生的管理收益，以確保事業單位的穩定運行。
4.適時性
對於事業單位的內部控制制度的制定並不是固定的，要隨時根據國家的相關規定、單位的業務範圍以及管理等外部客觀環境進行必要的調整和完善，以有助於內部控制制度更好的執行。
三、完善事業單位內部控制的若干建議
1.增強單位負責人和工作人員對內部控制的意識
對於事業單位內部控制制度的控制是否合理和有效主要在於單位負責人對其的意識，因此，加強單位負責人對單位內部控制的意識是非常必要的。首先要加強單位負責人在事業單位內部控制方面的培訓與相關知識方面的學習，既能使其掌握關於內部控制的基礎知識，同時也能提高其對內部控制制度進行監理和完善的重要意義，進而提高其對內部控制的充分認識以及創建內部控制環境的必要性。此外，也要加強單位其他工作人員對內部控制及其重要性的認識，提高其自身的綜合素質水平，進而能夠配合並自覺遵守事業單位的內部控制制度，形成“人人瞭解內部控制，個個參與內部控制”的良好氛圍，為單位有效開展內部控制工作奠定堅實基礎。
2.完善事業單位的內部控制制度
現今我國對於事業單位的內部控制制度方面還並沒有相關的規範指導，因此，事業單位應根據實際上單位內部管理和業務的具體內容，來制定內部財務會計制度，要儘量全面完整、具有一定的有效性和可操作性。對於內部會計的控制制度並不是單純的為了根除所有的風險，而主要在於對潛在的風險進行有效地控制。在建立事業單位內部控制的過程中，我們要將單位的業務管理以及活動等各個部門、環節以及工作人員聯繫在一起，同時要隨着國家的相關規定以及事業單位的自身情況對內部控制制度進行及時的調整和完善，以便確保有效地實現事業單位的內部控制。
3.提高事業單位內部控制人員的綜合素質
確保事業單位內部控制制度的關鍵就在於擁有一個具有較高的綜合素質水平的工作團隊。通過加強對事業單位內部控制人員的培訓和學習，來更新其專業基礎知識，提高專業技能，同時要加強工作人員的自身素養以及職業道德水平，樹立良好的單位內部控制意識，進而營造出良好的內部控制環境，與此同時，這也是有效實施事業單位內部控制的保證。
4.加強事業單位內部控制的監督
許多事業單位缺乏對內部控制的有效監督，以至於不能充分發揮內部控制制度的執行作用，因此，有必要加強事業單位對內部控制的監督。首先，對於設有內審機構的事業單位，要充分重視內部審計工作的嚴謹性，同時要加強內部審計人員的綜合素質水平，通過實施健全的財務制度，對單位內部出現的問題進行及時的提出和改正，利用內部審計的工作來加強事業單位對內部的有效控制。其次，對於沒有足夠的條件而不能建立單獨的內審機構的事業單位，更要提高財務審計方面的監督，同時對各種監督機制進行全面充分而完善，此外，也要充分發揮其他結構以及監管部門對事業單位的監督作用，以便於充分做好事業單位的內部控制工作。