5月13日，針對四川確診首例甲型h1n1流感病例，按照省衞生廳和省總隊甲型h1n1流感防控領導小組的要求，省總隊集中力量，分片區，分小組，逐級分解責任，在前期開展全面督導基礎上，對廳直醫療機構、重點地區醫療機構、疾病預防控制機構、學校、托幼機構、養老院等重點單位、重點環節開展甲型h1n1流感疫情防控措施落實情況進行巡迴監督檢查，對全省21個市（州）衞生監督機構開展甲型h1n1流感防控監督檢查工作情況進行督導。
同時，省總隊將甲型h1n1流感防控工作監督要點要求下發到各市（州）衞生監督機構，要求各地對轄區內醫療機構、疾控機構、實驗室生物安全、學校、托幼機構、養老院、大型公共場所進行全覆蓋監督檢查。重點要對傳染病報告、病例監測、預檢分診、醫生首診和發熱門診等制度落實情況進行認真檢查。建立信息日報告制度，從5月14日起，省總隊各巡迴檢查小組及市（州）衞生監督機構，每日下午5點前，向省總隊甲型h1n1流感防控辦公室書面報告工作進展及相關數據，省總隊彙總後當日向省衞生廳應對甲型h1n1流感防控領導小組彙報。
為確保甲型h1n1流感防控監督工作的有力開展，省總隊將甲型h1n1流感防控相關工作人員的工作時間調整為早上8：30至下午6：00，取消假期休息，領導帶班，加強值班制度，保證24小時通訊暢通，人員隨時待命。