1 封面
封面主要包含以下內容:項目(課題)名稱、申請者及其聯繫方式(電子郵件和電話)、項目依託單位及相關信息。
(1)項目名稱應簡明扼要，明確、直接反映主要研究內容。國家自然科學基金項目名稱規定在50個漢字以內，江蘇省自然科學基金項目則限制在25字以內。
(2)申請者，也就是課題負責人，一般應具有中級以上職稱。國家自然科學基金面上項目要求申請者具備高級職稱，不具備者則必須有兩名同行高級職稱專家推薦方可申報。申請者的個人信息如電話和電子郵箱一定要填寫正確並且有效，以保證信息暢通無阻。
(3)項目依託單位名稱指申請者的工作單位，要填寫與單位公章一致的全稱，不得簡稱。我校申請者依託單位名稱應填寫“南京信息工程大學”，“南信大”、“南京信息工程大學××學院”的填寫方式都是錯誤的。
2 數據表
數據表，又叫簡表或基本信息表，需申請者認真逐項填寫。數據表主要包含以下8個欄目。
(1)資助類別指面上項目、重點項目、重大項目、指導性項目等，申請者應參照當年的《項目指南》和《項目管理辦法》並根據實際情況填寫。
(2)研究屬性可選擇下列類別填寫:基礎研究、應用基礎研究、應用研究、發展(開發)研究等。基礎研究指以認識自然現象、探索自然規律為目的，不直接考慮應用目標的研究活動。應用基礎研究指有廣泛應用前景，但以獲取新知識、新原理、新方法為主要目的的研究。應用研究指以增加科學技術知識，併為某種特定實際目的，探討新知識應用而進行的研究。發展(開發)研究指運用基礎研究和應用研究以及實驗的知識開發新材料、新產品、新裝置、新方法或對現有材料、方法作重大改進而進行的研究活動。國家自然科學基金一般以資助基礎研究和應用基礎研究為主。
(3)報審學科指申請項目所屬的學科，如涉及多學科可填寫2個，並先填為主學科。國家自然科學基金項目需要填寫申請代碼以表明項目所屬研究方向。由於該欄目涉及到項目評審專家的遴選，申請者一定要正確填寫。
(4)申請資助金額用阿拉伯數字表示，一般以萬元為單位。
(5)起止年月一般從申請次年的1月至完成年度的12月。
(6)參加單位數指項目組成員所在單位數，包括主持和合作單位。國家自然科學基金面上項目合作單位數不得超過2個。
(7)項目組主要成員指在項目組內，對學術思想、技術路線的制定、理論分析及對項目的完成起主要作用的人員。需要特別指出的是，項目組成員的專業應包括項目所涉及的主要學科，既要有較高水平的學科帶頭人，又要有掌握實驗技術、從事具體研究和操作的人員。要充分依靠和發揮中青年專家和科技人員的作用。成員數量按職稱高低一般呈塔狀分佈，以5—8人為佳。其次，課題組成員項目分工要填寫具體，不宜籠統用“研究”“分析”之類的詞語，如果用“資料計算”“樣品採集”“分析測試”之類的詞彙就顯得分工明確、清楚;課題組成員安排的每年工作時間要充裕，一般填寫6—10個月較真實可信。
(8)研究內容摘要及關鍵詞。摘要字數有限，應精闢、高度濃縮，包括研究方法、途徑、手段以及要解決的問題、達到的目的、產生的效果等。關鍵詞的選取應恰當、能反映主要研究內容。
3 報告正文(課題論證報告)
報告正文是項目申請書的主體部分，這部分內容是説明: 1)為什麼要做(why)，即立項依據是什麼; 2)要做什麼(what)，即研究目標、研究內容以及擬解決的關鍵問題是什麼; 3)怎麼做(how)，即採用何種研究方法、技術路線、實驗手段和關鍵技術等; 4)憑什麼做，即有怎樣的研究基礎、工作條件以及項目組成員、經費預算等。
3.1 立項依據、研究內容、研究方案等(字數一般在4000~8000字)
3. 1. 1 立項依據
立項依據是指確立項目的科學依據，包括項目的研究意義、國內外發展動態以及相應的主要參考文獻。
(1)研究意義
要明確該問題的解決對推動相關學科有什麼樣的科學價值，要從學術價值和應用前景的層面上來闡述。其中，是否具有創新意義是關鍵，應進行充分闡述。此外要表述對科技、經濟、社會發展的重要意義或應用前景。
(2)國內外發展動態及相應的參考文獻
申請者對申請項目所涉及研究領域的國內外研究狀況應有充分了解，在申請時要對國內外研究現狀、學術前沿、進展程度、發展趨勢、同行研究的新動向等加以闡述，並附主要的參考文獻。參考文獻的著錄並非簡單的拼湊，應是完整説明立項依據的有力輔證，應儘可能是最新的(經典文獻可略有涉及)、同行業內較權威的。
該部分可歸納分析為誰在做、做什麼、做得怎樣、誰做得好或不足是什麼、你打算怎麼做才能更好?即: 1)問題來源是自己提出的，還是別人提出的，還是大家共知的問題; 2)與本項目相關的發展動態，哪些問題解決了，哪些還沒有解決好，問題的來龍去脈要敍述清楚，對國內外研究動態要有總體評價; 3)本人工作與他人工作的區別是什麼?是否有人做過，做得如何?是否是別人做過而沒有解決好的等; 4)對國內外該領域的專家要有恰當的評價，評價時言辭要委婉客觀，自我評價要謙遜，儘量避免“首次發現”“首次研究”等用語。
3. 1. 2 研究目標、研究內容以及擬解決的關鍵問題
(1)研究目標説明本項研究最終期望要達到什麼目的，是總體的表述與概括。
(2)研究內容是申請書的重中之重。是研究目標的具體體現與分解，是研究題目的細化與解釋，闡明瞭本項目到底要研究什麼具體科學問題。研究內容的論述總結為:有限目標、抓住關鍵、重點突破、力求創新。
1)有限目標即研究內容要適度，研究任何新的科學問題都是在前人工作基礎上的開拓，且科學研究是無止境的，不可能設想在一個項目或一次研究中將所有或眾多的問題都解決，更何況科學基金的有限資助額度需要在有限時間內解決眾多問題是不現實，也是不可能的。
2)抓住關鍵即闡明本研究擬解決的關鍵科學問題是什麼。所謂關鍵科學問題應理解為研究內容中所涉及科學問題的關鍵點，也可理解為就是問題的核心，只要把這一點或幾點(2—3點)關鍵問題解決了，所涉及的其他單個問題及整體問題就迎刃而解了;也可以理解為關鍵就是創新點，創新的閃光點往往藴藏在這些關鍵問題之中，抓住了關鍵，也就抓住了創新。
3)重點突破即不是要求一項研究面面俱到，所有的關鍵問題都能有突破，而是要求在一個研究項目中，在有限目標的基礎上，能真正抓住並解決一個或幾個關鍵的科學問題。真正有一點突破，才能取得期望的進展和成果。當然，一定是有創新性的結果才可稱為成果。
4)力求創新。有限目標、抓住關鍵、重點突破，其最終目的是力求有創新性的研究成果。研究內容應該與選題、立論依據中學術上的創新相一致，在前人(也包括自己)工作基礎上有所發現、有所發明、有所創造、有所前進，提出或完善新理論、新學説、新方法，解決沒有解決的問題。
綜上所述，研究內容的撰寫必須層次清晰、詳略得當，體現有限目標、抓往關鍵、重點突破、力求創新的要求。此外應注意: 1)內容不宜過多， 3—6點即可，讓評審專家形成整體印象。2)各內容之間儘量相對獨立，而不是相互包含。3)內容要明確、具體不空泛，不是框架性的東西，要具體到問題層面上。4)創新是基礎研究的本質所在，項目創新可體現在功能、手段、概念、問題或手段方法上。例如，這個問題剛剛有人開始做，是個新問題，那麼你可以對新問題用新方法研究，但要説明你的新方法與別人比有何優勢;同樣也適用老問題新方法;當然研究新問題用傳統方法也可以。
3. 1. 3 研究方案、技術路線及可行性分析
本節是對理論分析、計算、實驗方法及步驟的合理性論證，主要闡述實現研究目標的方法、技術、實驗手段和關鍵技術。關鍵技術和創新技術要描述詳細、清晰、明確、具體，必要時加以公式、流程圖等直觀説明;可行性分析是對研究方案、技術路線是否能順利進行作一説明，要有理有據，使評審專家相信你設計的方案或路線是行得通的。
3. 1. 4 項目的特色與創新之處
特色與創新就是不同於別人的東西，主要表現為:具有原創性的新理論(學説)、新方法;運用已有的理論方法，研究解決從未有人研究過的新問題，進行開創性研究。撰寫時應用詞恰如其分而不過分誇張。
3. 1. 5 預期研究進展和研究成果
預期研究進展應是各研究階段的研究方案、階段成果與時間進度的綜合表述。預期研究成果應現實並突出創新性，包括成果內容、成果形式、成果數量3要素。成果內容:回答在什麼問題上或哪幾個問題上將取得進展並獲得成果;成果形式:説明以什麼樣載體來反映取得的研究結果，一般包括期刊論文、論文集、學術專著、研究報告、政策性建議，以及計算機軟件甚至系統設計等;成果數量:説明涉及到的成果形式的基本數量。
3.2 研究基礎與工作條件
辦公實驗條件、資料設備、項目組成員以及有助於申請者完成項目的多方面扶持政策均可作為研究基礎和工作條件來填寫。辦公實驗條件的完備、資料的完整是項目得以實施的必要條件，申請者及主要參加者所做的與本項目有關的既往研究基礎、工作成績則是項目完成的有力保障，申請者應儘可能提煉並如實反映，這些都是項目評審的重要依據。其他扶持性政策包括國家的、省部的、甚至項目依託單位具備的支撐條件和資源配置，評審專家評審時均會加以考慮。
需要注意的是，這部分內容與3. 1. 3節中“可行性分析”容易引起混淆。事實上，前文3. 1. 3節重點闡述的是研究方案、技術路線合理操作、順利進展的可行性，而此處是重點分析整個項目得以順利完成的所有條件，後者包含前者，但敍述時側重點有所不同。
3.3 經費預算
填寫經費預算的基本依據是各類項目的《項目經費管理辦法》。申請者務必根據規定實事求是地提出預算，不宜過高或過低。國家自然科學基金申請者在填寫經費預算時，需要參考本學部歷年平均資助額度，並在此基礎上略作上調。但其規定的一些固定比例不可變動，如:國家自然科學基金面上(重點)項目國際合作交流經費不得超過總資助經費的15% (10% )，勞務費不得超過總資助經費的15% (10% )，備註欄填寫“‘參與項目研究的研究生、博士後人員勞務費’，不得用於支付‘臨工和其他人員’費用，也不得用於支付學費等”;管理費佔總資助經費的5%，備註欄填寫“項目依託單位管理費”;儀器設備費用於購買進行學術研究的一些非常規專用儀器設備;購置5萬元以上固定資產及設備時，需逐項説明與項目研究的直接相關性及必要性。
國家自然科學基金經費預算中“協作費”和“合作費”是兩個不同的概念，須加以區分。協作費是指外單位(不包括合作單位)協作承擔自然科學基金項目部分研究試驗工作的費用。協作費的支出列入“研究經費—協作費”預算科目，使用時由項目依託單位依據協作合同轉撥。合作費是指由兩個或兩個以上單位合作，共同承擔自然科學基金項目研究工作的費用。經費決算表中無“合作費”預算科目，在編制項目經費預算時，合作費首先由各合作單位按照用途分別列入各支出預算科目中，再由牽頭單位彙總。
4 簽字蓋章頁
這是完成申請書的最後部分，包括申請人簽字、項目組成員簽字(務必核實，避免超項)，合作單位蓋章、項目依託單位科研管理部門意見、校學術委員會意見、學校公章、領導簽章(包括日期)。以申請國家自然科學基金項目為例，項目申請單位的公章必須是註冊法人公章;合作單位的公章:屬於註冊單位需要註冊公章(二級單位公章不行)，非註冊單位要求是法人公章。此外應注意:申請書中有外單位人員即視為有合作單位，須加蓋合作單位公章(合作單位為境外的不必蓋章，但須有參加者本人的簽字或同意函);在職研究生(包括具有高級職稱的研究生)作為申請人時必須附上導師同意函。
這部分內容是項目申請書進入評審的關口，不可輕視，一定要完備齊全，若因形式審查不過關而被初篩掉就非常令人惋惜了。