一、營業税
應全面自查各項應税收入是否未繳、少繳、或未按時繳納營業税。具體自查項目應至少涵蓋以下內容：
1.債券投資收入是否按税法規定繳税。現行銀行的債券投資一般由總行集中操作，分為人民幣債券和外幣債券兩類，其投資收入包括買賣損益和利息收入兩部分。目前銀行大多僅就人民幣債券買賣損益的部分繳納了營業税，人民幣債券中利息收入和外幣債券的買賣損益與利息收入均未繳納營業税。按照現行營業税政策規定，銀行總行在境內利用總行資金進行外幣債券投資，對其買賣債券取得的收入應照章徵收營業税;對其持有金融債券到期利息收入不徵收營業税，對其持有非金融債券到期利息收入照章徵收營業税。此外，對於未持有到期債券業務投資收益，買賣債券持有期間的利息收入也應該按税法規定納税。
2.是否將一般貸款業務混為轉貸業務核算，差額繳納營業税，少計計税營業額，或不按權責發生制原則繳税。
3.委託貸款業務收入是否按規定繳税，收到的利息是否代扣代繳營業税，有無按減除手續費後的差額計税的問題。
4.貼現收入是否按規定繳税，有無未繳税、減除轉貼現收入繳税、轉貼現支出衝減票據貼現收入、轉貼現支出衝減遞延收益、貼現利息收入遞延入賬、以及票據轉貼現返利等未按規定繳税問題。
5.中間業務收入是否存在未繳税，或有的中間業務收入存在衝減回扣、返傭支出後計手續費收入繳税的問題。
6.是否存在將atm、pos機手續費收入衝減支付銀聯費用或pos機租金後繳税的問題。
7.是否存在銷售不動產少繳營業税的問題，或存在出租房屋、廠房、機器設備、抵債資產變現收入未繳營業税問題。
8.是否存在將收取的郵電費、印刷費、支票工本費衝減業務費用未繳、少繳營業税問題。
9.是否存在收取客户信用卡透支罰款、罰息等收入未繳、少繳營業税問題。
10.是否存在銀行受託理財業務收取的手續費收入未按照規定納税問題。
11.是否存在擴大金融機構往來範圍，將非同業利息收入記入同業利息收入問題。
12.是否存在將代保管收入、諮詢收入、結算手續費收入、代辦保險、按揭手續費收入等不計少計營業額問題。
13.是否存在代收電話、水、電、氣、信息費等項目，取得的業務收入未按税法規定繳納營業税的問題。
14.是否存在以銀行工會的名義向貸款户收取管理費或贊助費未繳納營業税問題。
15.是否存在資金業務項目虧損軋抵後申報營業税問題。
16.是否存在分行從總行取得的各項税前分成收入計入內部往來未繳營業税問題。
二、企業所得税
應全面自查各項應税收入是否按税法規定繳税，各項成本費用是否按照所得税税前扣除辦法的規定税前列支。具體自查項目應至少涵蓋以下問題：
1.有無未按所得税權責發生制原則繳税的問題。
2.有無使用不符合税法規定的發票，進行費用列支的問題。
3.有無工資及“三費”等未按照税法規定的標準，進行計提和調整的問題。
4.是否存在資金業務、金融衍生產品業務，未按照會計核算方法進行正確估值的，造成少繳税款的情況。
5.有無固定資產未按税法規定計提折舊，或固定資產的淨殘值率及電子類設備折舊年限與税收規定有差異的，未進行納税調整。
6.是否擴大計提範圍，多計提呆賬準備金。
7.業務招待費、業務宣傳費、廣告費是否按税法規定進行計提和使用。