醫學論文的寫作，是科研及臨牀實踐的書面總結工作，通常要經過寫作前的準備、資料的收集和整理、數據的統計學處理、構思、擬定提綱、起草文稿、修改潤色等步驟，其每一個步驟都是十分嚴謹的。但是，不同類型或體裁的論文，其寫作步驟可能會有一定程度的差異。
1、寫作前的準備工作
醫學論文的寫作過程，如同其他文學作品、新聞通訊、工作總結一樣，在寫作前需要經過認真、充分的準備。準備工作的好壞，直接影響到論文的質量。撰寫論文沒有充分的準備工作很難寫出好的文章。在寫文章前，必須做好以下兩個方面的準備工作:
1.1明確文章的主題和中心，做好理論上的準備工作主題是一篇文章的統帥，主題與內容必須相互呼應。主題即文章的選題，選題的新穎與否，直接影響文章的質量、可讀性。所以，在寫作之前，確定文章的中心是很重要的一點。多數人的思緒在動筆前往往是雜亂無章的，因此必須從這種認識上的混亂狀態中，理出一個清晰的頭緒來，明確文章的主題和中心，並圍繞這一中心，做好理論上的準備工作。例如，如果寫一篇關於瀰漫性軸索損傷(dai)患者早期診治的論文，在寫作前，必須明確哪方面內容應該作為文章的中心。如果圍繞着dai患者的早期診斷，來確定文章的主題，應該在這個主題下，進一步突出其早期特殊臨牀症狀及影像學(如ct、mri)表現。這樣不但主題明確，文章的中心內容也十分清楚，就可以使文章的構思完整，內容結構也充實全面。相反，如果主題不明，內容勢必顯得支離破碎。
此外，在確定主題或選題時，一定要把握好“選 題宜小不宜大、宜簡不宜繁”的原則，尤其是缺少經驗的初寫者，更應避免選擇難度大的課題，應先易後難，循序漸進。
1.2收集文獻，整理資料寫作前應該對寫作中所涉及的基本理論有比較全面的認識，在此基礎上全面收集近幾年來的相關文獻，整理有關的文獻資料。通過查閲文獻，應該清楚該專題研究已經進行的動態和觀點，並把這些材料中所用的部分整理好，心裏明確目前在這項研究及實踐中有哪幾種觀點，相同之處及不同之處，以準備在寫文章時引用，如何引用，又如何解釋。
在撰寫論文上，只有知己知彼，才能做到推理合理、觀點明確。避免在寫作過程中，一邊寫作，一邊整理材料。這樣不但容易打斷思路，而且容易造成內容重複，相互重疊，甚至出現相互矛盾，還容易概念不清，內容不全，而使文章歸於失敗。
2、直接資料的準備和整理
一般認為，所收集的資料包括兩大類，一類為前人既往的工作狀況資料，即間接資料;另一類為自己實驗及實踐中所得出的數據、觀點等，即直接資料。
直接資料的收集，這一部分工作應該是論文的中心，也是最能體現論文的科學性，最具説服力的工作內容。
2.1做好科學實驗或臨牀實踐中的記錄、資料積累工作在科學實驗中，必須加強原始資料記錄、保管工作，隨時記錄觀察實驗的結果，作好原始記錄的積累工作。在進行臨牀實踐科學研究中，也需要從研究一開始就做好材料的登記工作。要做好登記、統計工作，需要事先印製好觀察指標、療效登記表。從病案等臨牀資料中摘取必要的內容，隨時填入原始記錄表內。原始記錄要做到真實、客觀、準確、可靠，反對弄虛作假、任意刪改等作弊現象，避免加入主觀成分。這應該説是作為科技人員的最基本的素質。對於實驗中所取得的結果，不論是陽性，還是陰性;也不管是符合預期的設想，或是不符合預期設想都要忠實記錄，不加入主觀成分，不憑個人的願望取捨材料。在材料的記錄工作中，還要養成一次性完成，不重抄、轉記的習慣。要注意資料的準確性和完整性，使其符合科研設計規定，用詞準確，含義清楚。
2.2材料的合理取捨
所收集的科研資料，都要認真地鑑別分析，以後再決定合理的取捨。材料收集後，首先將全部資料細緻地檢查一遍，將不符合設計要求的材料去掉，將不全面的內容充實整理，將需要的材料分門別類收集，在材料的鑑別、分類、取捨時，要用“相關性”和“可比性”兩個尺度加以衡量。
2.2.1相關性
相關性也稱同質性，在實驗研究中，此方法主要用於本實驗組的資料鑑別。即把本質相同或相近的資料歸併在一起。例如:在觀察某一藥物降血脂的療效中，研究組有的病人服用這種觀察藥物後，出現了噁心、嘔吐、肌肉疼痛等症狀或轉氨酶增高，在取材時，應該進一步鑑別清楚，服藥後所出現的消化道症狀是該種降血脂藥物所致的副作用，還是與此項研究無關因素引起。如果確定為藥物的副作用，則該項資料應該保留，作為藥物的副作用在文章中分析;相反，如果消化道症狀和轉氨酶升高不是藥物引起，而與其他因素有關，則不將此類資料納入統計範圍，以免影響藥效的檢測效果。在這一點上，應該保持思路清晰，該舍的捨棄，不該舍的不可捨棄。
2.2.2可比性可比性又稱齊同性，主要指兩組或兩組以上的資料之間進行比較時，這兩組之間除了受試因素之外，其他因素均應該相同。例如:研究藥物a治療腦血栓的療效，需設立其他藥物組或其他對照組，同時進行療效觀察。這兩組之間，除了受試因素，即所用的藥物不同外，病人的一般情況，如年齡、性別、病情程度等也都應該大致相同。這樣，兩組不同的治療所取得的療效，才能相比。否則，如果兩組病例的情況不同，不是經過隨機分組原則分組，而是加入人為的因素分組，兩組所取得的資料就缺乏可比性，所取得的療效就無法進行比較與分析。