新三板交易制度是指在代辦股份轉讓系統中對主體資格、交易規則、報價規則和登記結算的要求。主要表現在以下幾個方面:
一 以機構投資者為主。自然人僅限特定情況才允許投資。
二 實行股份轉讓限售期。新三板對特定主體持有股份規定限售期，另對掛牌前增資、控股股東及實際控制人轉讓股份等也分別規定了限售期。
三 設定股份交易最低限額。每次交易要求不得低於1000股，投資者證券賬户某一股份餘額不足1000股的，只能一次性委託賣出。
四 交易須主辦券商代理。主辦券商代為辦理報價申報、轉讓或購買委託、成交確認、清算交收等手續，掛牌公司及投資者在代辦系統所進行的股份交易的相關手續均需經主辦券商辦理。
五 依託新三板代辦交易系統。新三板代辦交易系統依託於深圳證券交易所建設，與中小板、創業板等並列於深圳交易所交易系統。
六 投資者委託交易。投資者委託分為意向委託、定價委託和成交確認委託、委託當日有效。意向委託、定價委託和成交確認委託均可撤銷，但已經報價系統確認成交的委託不得撤銷或變更。
七 分級結算原則。新三板交易制度對股份和資金的結算實行分級結算原則。