企業所得税是我國現行税制中的主要税種之一，也是我國財政收入的主要來源。受税制及管理模式、手段、方法等方面的影響，目前所得税管理仍為基層税收管理中的薄弱環節，成為税收管理工作中的難點和弱點。
一、當前所得税管理中存在的問題
1、從徵管力量來看，基層税務機關普遍沒有專設所得税崗，所得税管理隊伍不同程度地存在“斷層”，熟悉所得税業務的管理人員嚴重不足，“疏於管理，淡化責任”的現象依然存在。隨着經濟的發展、納税户數的增加和各項管理措施的不斷細化，税收管理員日常事務性工作較為繁雜，面臨較大的工作壓力，同時也造成所得税税源管理的重點不突出，深入業户瞭解情況的時間較少，影響了税源管理的實效性。
2、從税收管理員業務水平來看，由於企業所得税涉税事項複雜繁多，行業日趨多樣化，業務的專業性，範圍的廣泛性，職業的判斷性，都要求管理人員熟悉專業知識，掌握較高的業務技能和職業判斷能力，而目前税收管理員業務能力參差不齊，除了歷史原因和年齡結構不合理等客觀因素外，知識更新不能及時與税源管理形勢變化相適應，成為制約所得税管理工作的瓶頸問題。
3、從税基控管方面來看，由於企業成分異常複雜、經營方式多種多樣，財務核算不規範、賬面信息真實度低，且存在着大量的現金交易。在我國現有法制和貨幣金融監管水平下，税務部門缺乏有效的税源監控手段控制企業的資金流、貨物流，因此，所得税的税源控管變得異常艱難。一是企業賬務核算數據的真實度差。從目前企業的總體情況而言，絕大多數企業屬於規模較小或處於創業和成長階段的中小企業，其財務人員有的只是經過短期的學習培訓就從事財務工作，有的身兼數家企業會計，財務核算水平參差不齊。大部分企業財務核算中往往唯企業法人是從，缺乏依法規範執業意識，企業的財務核算不能準確體現其經營成果。二是兩元化管理的存在形成執法和税負不公。新辦企業的企業所得税由國税部門來徵收管理，而原來的老企業由地税部門來管理，二者在所得税管理、税收政策執行差異、企業所得税計算上方法不同、繁簡各異，很容易出現同地區、同行業、同規模企業的税負不一，導致同類型或同規模企業的税負差異較大，影響了税收秩序。三是隨着新會計準則體系的公佈實施，會計標準、會計核算內容更加複雜，企業會計制度和税法的差異調整也更加繁雜，增加了税務機關執行政策的難度。
二、解決企業所得税徵管難點對策研究
1、優化人員配置，充實企業所得税管理力量。根據企業所得税發展趨勢和目前新辦企業快速增長的形勢，現有的機構和力量遠遠不適應。要按照管理力量與擔負任務相匹配、管理效能最大化的原則，合理確定機關和基層分局、管理一線人員比例。根據幹部的年齡層次、知識層次、專業水平，將每個幹部安排到最合適的崗位，實現人適其事、事適其人、人盡其才、才盡其用。基層分局業務部門必須配備企業所得税管理專職人員，保持相對穩定。並將專業對口、熟悉財會知識、業務能力強的年輕幹部充實到所得税管理隊伍中，以緩解人員不足、工作量大的壓力。
2、建立和完善所得税崗責體系，強化執法責任制，嚴格績效考核。一是科學設置崗位職責和工作流程，形成科學、嚴密的流程體系，在堅持依法治税原則的前提下，儘可能簡併流程、減少工作環節，縮短業務流程路徑，減少存檔的紙質資料，實現業務流程無阻滯、業務銜接無縫隙、協調配合無缺位、監督預警無盲區。二是要儘量減少税收管理員的日常事務性工作，進一步突出税收管理員的工作重點。必須在實施綜合管理的基礎上，突出工作重點，切實履行管户與管事職能，有針對性地加強對所得税重點税源企業、納税異常企業的管理，強化實地調查、核查工作，深入瞭解納税人的生產經營情況，變寬泛管理為深入管理。進一步解決所得税管理長期被邊緣化的問題，在日常税收徵管工作中，應避免出現增值税管理一枝獨秀的現象，採取增值税、企業所得税管理並重的管理模式，以適應新形勢發展的需要。三是針對當前國税工作日益繁重、基層一線人少事多矛盾日益突出的情況，大力實施績效管理，激發廣大國税幹部工作熱情，推進國税部門整體績效提升，挖掘人力資源潛力，促進税收科學化、專業化、精細化管理效能的提高，創新基層管理方式、有效解決“干與不幹一個樣，幹多幹少一個樣”問題。
3、推行“階梯式”培訓目標，提高税收管理員整體素質。企業所得税作為一個綜合性的税種，對管理幹部的要求更高，提升企業所得税管理人員素質顯得尤其重要。首先，要緊緊圍繞幹部履行職責的需要設計培訓內容，有針對性地進行履行崗位職責必備知識和能力的培訓、與本職工作密切相關的新知識培訓，學習培訓的重點應放在新準則及會計制度、會計核算知識、税法政策規定、納税評估技巧等方面。其次，在培訓方法上也要大膽創新，針對幹部素質現狀，將全員培訓轉變為分類培訓。一要區分培訓對象。對税收徵管一線的同志，主要開展崗位業務培訓，注重税收實務的學習，進一步提高他們的工作技能。二要區分同一層次人員個體差異。必須區分人員在年齡、學歷層次、專業水平等方面存在的差異，通過針對不同對象應用不同的培訓方式，努力做到培訓工作主題突出，運作規範，在集中式培訓的基礎上，加強長期精細化式培訓。以熟練掌握與崗位工作職責標準相對應的專業知識、技能及妥善處理相關工作事項的能力為長期培訓任務，針對實際工作中的難點和熱點問題重點突破和培訓，有效提高幹部的業務水平。再次，要大力推進“階梯式”培訓目標，將培訓分為提高基本素質，培訓骨幹力量，培養高端人才三個階段，分步實施，梯次推進。確立抓基礎人才培訓與抓骨幹、研究型人才培訓相結合的指導思想，培養一批會會計核算、懂企業管理、熟練微機操作、精通税收業務的企業所得税管理人才。必須擴大視野，既要培養熟悉企業所得税政策與管理、現代企業管理與財務核算、先進信息技術的複合型人才，又要培養在某一領域有深入研究的專業性人才，如行業納税評估專家等等。
4、以抓大、控中、核小為思路實施企業所得税分類管理。在堅持屬地管理原則的基礎上，根據管理對象的不同類別，按照納税户生產經營規模、性質、行業、經營特點、企業存續時間和納税信用等級等要素以及不同行業和類別企業的特點，對納税人進行科學分類，設立相應的税源管理崗位，實現對不同納税人有針對性的監控。一是分規模管理。按照企業生產經營規模和税源規模進行分類，全面瞭解掌握不同規模企業生產經營特點和工藝流程及生產經營、財務會計核算、税源變化等基本情況，實行分層級管理。對生產經營收入、年應納税所得額、年應納所得税額較大的企業，要積極探索屬地管理與專業化管理相結合的徵管模式，試行在屬地管理基礎上集中、統一管理，充分發揮專業化管理優勢。科學劃分企業所在地主管税務機關和上級税務機關管理職責，形成齊抓共管的工作格局。二是分行業管理。針對企業所處行業的特點實施有效管理。全面掌握行業生產經營和財務核算特點、税源變化情況等相關信息，分析可能出現漏洞的環節，確定行業企業所得税管理重點，制定分行業的企業所得税管理制度辦法、納税評估指標體系。三是特殊企業和事項管理。如對彙總納税企業，房地產企業、建築行業等非增值税的所得税納税義務人的特殊行業實施集中管理，這些行業社會影響較大，税收控管手段薄弱，徵收方式難以確定，執行政策不易統一，容易造成管理上的混亂，可以實施集中統一管理，使税收管理員能集中精力抓好企業所得税管理，提高税源管理實效。對企業合併、分立、改組改制、清算、股權轉讓、債務重組、資產評估增值以及接受非貨幣性資產捐贈等涉及企業所得税的特殊事項，制定並實施企業事先報告制度和税務機關跟蹤管理制度。要專門研究企業特殊事項的特點和相關企業所得税政策，不斷提高企業特殊事項的所得税管理水平。
5、強化制度建設，全方位治理會計信息失真。防止會計信息失真不是哪幾個人、哪幾個單位、哪幾個行業或哪幾個地區就能解決的，它需要我們全社會的共同努力。一是加強制度建設，強化財務監督。會計人員要持證上崗，不能搞家庭式的財務管理，決不可濫竽充數；對會計人員要經常進行職業道德、業務技術教育，提高素質。要強化企業審計監督職能，建立健全內部審計制度，充分發揮董事會、監事會、股東會、職代會等管理機構的監督作用。二是加強會計中介機構管理。政府職能應繼續強化會計中介機構的監督和管理，加強中介機構從業人員的繼續教育，進一步提升會計中介機構的社會認知度和信用度，規範會計中介機構的鑑證行為。三是加快政府化財務總監製度建設。中小企業約佔40%的比例都是兼職會計，還有約10%的比例是會計記賬機構記賬，大多僅限於簡單記賬的財務管理。為此，政府職能部門應根據“抓大、控中、定小”的原則，設立政府管理的公共財務總監機構（第三方內部審計部門），根據中小企業的行業分類，由專門的財務總監（專家團隊）定期對中小企業進行財務管理的社會化監督管理，參與中小企業重大投資、經營的決策，“替老闆看賬”，進行行業性的財務分析，提出財務管理方面的建議和方案。四是加大處罰力度。目前有些企業的法律、法規、部門規章還不完善，對相關責任人的界定還比較模糊，對會計造假、會計信息失真的打擊力度明顯不夠。這些處罰與造假者獲取的暴利相比，高懸在頭頂的法律之劍，看起來並不那麼可怕。所以我們有關部門應加大對造假者的處罰力度，使其造假的成本遠遠大於其造假的預期收益，披露不講誠信的人，對不守誠信而造成嚴重後果者，不僅要在經濟上追究其責任，還應追究其法律責任。
6、加強部門協作，實現數據信息資源共享。建立健全統一的信息交換共享制度，充分利用現代信息技術，使企業的開業、變更、註銷登記、企業經營、申報納税等信息在國地税、工商、統計等部門之間能完全共享。進一步確認國、地税徵管範圍，我們傾向於實行隨流轉税税種確定徵管範圍比較合理，即企業交納主體流轉税歸那一個局管理，其所得税也歸那個局管理，避免國、地税局爭搶税源或漏徵漏管。根據目前企業所得税由國、地税共同管理並相互交叉的現實，可以考慮建立國、地税共同辦税制度，以縣級為單位，統一制訂申報預繳、税前扣除審批、徵收方式認定、政策宣傳等管理辦法和意見；統一組織納税檢查，保證政策執行和工作的一致性，避免同一區域、同一税種因管理機關不同而造成政策執行口徑參差不齊，徵收方式不同，税負水平不公，市場競爭不平等的現象。
7、充分發揮中介機構税務代理。隨着經濟體制改革的不斷深化，企業財務人員無論從數量上，還是從業務素質上都不適應經濟高速發展的需要。在這種情況下，積極發揮税務代理機構的作用，廣泛推行税務代理，對於做好企業所得税徵管工作具有十分重要的促進作用。為此，對會計核算基礎較差，沒有建賬能力的企業或財務核算混亂、賬證不健全的企業，以及比較複雜的涉税事項，要積極推行由税務代理機構來代為建立健全賬證，進行財務會計核算和辦理納税鑑證事項。