事業單位作為向全社會提供基本公共服務的載體和平台，在促進經濟社會發展等方面起到了重要作用，但事業單位發展中的問題不但影響行政效能和公共服務效率，也嚴重地制約了行政管理體制改革。目前事業單位分類改革已全面展開，但分類推進事業單位改革還面臨不少問題。
一、主要問題
當前,在傳統計劃經濟體制下形成的事業單位不同程度地存在着一些與市場經濟不能並軌的問題，制約了經濟和社會的協調發展，以及人民羣眾對提供公共服務、公共產品的需要，同時也制約了政府職能的轉變。具體表現為：
(一)管理體制不順，監管制約不力。一方面由於事業單位部門所有、條塊分割的管理結構，導致在機構設置、編制配備出現不盡合理的地方。有些事業單位因不適應經濟和社會發展需要，職責任務、工作量都出現了不同程度的變化，職能萎縮，編制閒置，一定程度上存在機構龐雜、人員臃腫、人浮於事等現象。另一方面職能加強、任務增加部門的用編需求得不到調劑，特別是有利於推動經濟發展保障和改善民生、維持社會和諧穩定等重點領域編制資源得不到動態調整，使得編制資源不能全面發揮其應有作用，阻礙了社會事業的發展。這些問題根源在於編制管理法津法規體系不盡完善。雖然近年來出台了一系列機構編制管理方面的條例和法規，但具體到事業單位機構設置、人員編制配備方面還是缺乏嚴格的控制措施。有些事業單位人員編制核定無操作標準和依據，只是根據當前的工作情況所謂的“量體裁衣”，致使主管部門要求設立事業單位編制核定時上下聯繫、左右攀比;有些事業單位設立以達標為要挾，以審批資金為“誘餌”，造成機構設置重複、職能交叉。不但增加財政負擔，而且容易出現推委、扯皮現象。
(二)缺乏法人資格，阻礙自身發展。部分事業單位不具備獨立的事業單位法人的資格，其任務由行政主管部門下達，辦公地點不明確，人員混用，財務不分，行政機關人員兼任事業單位法人。這樣的事業單位不能實現自主經營、自負盈虧，只能靠財政“吃飯”、政府“餵奶”、主管部門“輸血”生存。致使事業單位服務功能弱化、萎縮，不同程度地阻礙了事業單位根據自己的特點，按照社會需要和市場經濟規律尋求自身發展的步伐。
(三)政事、事企不分，工作效率不高。一是有些事業單位享受着事業單位的待遇，卻從事着與政府部門一致的行政管理事務，甚至還擁有比一般政府部門更大的行政權力。一些並非法定承擔政府職能的事業單位，執行着由主管部門直接或間接轉移過來的行政職能。二是有的事業單位本身擁有執法權力，全部或者大部分受國家財政資金的供養，卻仍然從事經營活動，既是運動員又是裁判員。三有些事業單位佔用着國家資源，享受着財政扶持，卻未充分有效地提供相應服務,積極公正地履行應盡職責。
(四)事業單位撤併難度大。按照事業單位分類改革要求，對未按規定設立或原承擔特定任務已完成的予以撤銷;對佈局結構不合理、設置過於分散、工作任務嚴重不足或職責相同相近的予以整合。部分事業單位將面臨着撤併，人員編制核銷、核減和安置。對應該撤銷或整合的事業單位，很少有主管部門或事業單位自己主動提出進行撤銷整合，而是以上級部門批資金、上項目等為理由，要求保持現有事業單位，或者一味強調本部門本單位的困難，反對撤銷整合所屬事業單位，加大了事業單位分類改革工作難度。
(五)改革配套政策遲遲不能啟動。事業單位分類改革是一項複雜的系統工程，關係經濟發展和社會穩定的大局，涉及事業單位廣大職工的切身利益，如果在改革過程中沒有養老保險、人員分流安置等完善的配套政策支持，廣大職工的切身利益得不到社會保障，必然會影響社會穩定大局，致使改革難以達到預期的目標。目前人事制度、收入分配、社會保障、財政管理、轉企改制等配套政策遲遲未能出台，成為制約改革順利推進的瓶頸。
二、思考與建議
(一)調整規範機構設置，搞好清理整合。根據縣級事業單位不同的類型、性質、運行機制以及發展趨勢，按照事業單位清理規範的要求，進一步搞好清理整合。一是堅決撤銷。隨着經濟和社會的發展，原有的一部分事業單位，有的職能萎縮甚至消失，已經無所作為;有的運轉艱難，既無社會效益，也無經濟效益;有的依靠財政撥款養人，終日無所事事;有的名存實亡，長期無人員、無資產、不運作。對這此事業單位予以撤銷，其人員按政策進行妥善分流和安置。二是合理合併。有些事業單位規模過小，有的職能相近或交叉。對這類單位應在統籌規劃的基礎上予以合併。三是調整佈局。對條塊分割、重複設置的事業單位，應統籌兼顧，科學調整佈局，裁長補短，優勢互補，優化人力、財力、資產等資源配置。通過清理整合，逐步界定和規範事業單位的職責任務、機構名稱、人員編制和經費形式。
(二)全力推進事業單位分類改革。根據國家和省市對事業單位的有關分類標準，本着先易後難、分期分批、逐步推進的原則，對清理規範後的所屬事業單位進行科學分類。行政類事業單位，依法調整界定職能任務，整合精簡機構編制，嚴格規範管理。公益類事業單位，優化佈局結構，完善運行機制，逐步實現舉辦單位主體的多元化。此類事業單位的管理辦法，主要是政策引導、依法監督、搞好服務，重點管好其領導班子或法定代表人，監管其國有資產的
保值增值。經營類事業單位，按照事企分開的原則，借鑑國有企業改制的政策辦法，搞好產權制度改革，實施改企轉制，使其成為市場競爭主體和獨立核算、自主經營、自負盈虧的經濟實體，進一步增強自我發展的活力。
(三)賦予事業單位獨立的法人地位。國務院《事業單位登記管理暫行條例》規定，未取得《事業單位法人證書》的，不得以事業單位名義開展活動。近年來，事業單位法人登記工作雖然得以全面推進，但其他配套政策法規滯後，事業單位仍處於主管部門的附屬地位，與市場接軌的“准入證”作用也沒能充分發揮，制約了事業單位的市場化進程。許多事業單位習慣於按主管部門的行政命令辦事，對社會和市場的需求主動參與的少，不願意面向社會尋求生存空間，造成事業單位社會化服務功能的缺位。因此必須建立健全事業單位法人治理結構，探索建立理事會、董事會、管委會等多種形式的治理結構。
(四)徹底解決合力不強的問題。在事業單位改革中，政府職能部門、政府主管部門和事業單位這三者雖然都主張進行事業單位改革，但改革的目標和方向並不一致。一般來説機構編制、人社、財政等政府職能部門主要是加強規範化管理，儘量控制或減少財政供養人員。而事業單位主管部門則往往是站在事業發展，同時也站在維護本位利益的立場上儘量保留和發展一些事業單位，在改革中常常充當事業單位的代言人和事業單位改革的協調者等角色。事業單位自身則希望通過改革在既得利益不變的情況下，儘可能多地增加財政供給，同時又能獲得自主權。這三者難以形成合力。所以只有在充分調研和廣泛徵求意見的基礎上，黨委政府以壯士斷腕的決心果斷決策，才能在事業單位改革形成合力。
(五)堅持以人為本的核心。改革必須注意維護社會的穩定和促進社會的和諧，不能給社會帶來新的不穩定和不和諧因素，尤其不能象以往改革那樣把“富餘人員”推向社會。因此，需解決四個問題：一是根據國家社會保障制度建設的總體要求，積極推進事業單位的社會保障制度改革，全面建立事業單位養老保險制度;二是要解決好改革前後新老退休人員待遇的平穩過渡問題;三是進一步完善工作人員在機關、事業單位和企業之間流動時社會保險關係的轉移和銜接辦法，切實解決人員身份轉換以及醫療保險金、住房公積金等保障問題;四是要解決好人員分流安置問題，認真研究以單位、行業為基礎的，多層次、多種形式的人員安置政策，對達到一定年齡或工作年限的職工，研究較為寬鬆的提前退休政策。
(六)推動事業單位配套改革。一是逐步取消事業單位行政級別，實現事業單位職級制，推行職員制;二是探索實行公共財政“購買服務”新模式，可由社會提供的公共服務，通過公開招標、向有資質的社會組織“購買服務”;三是改變財政供給方式，告別單純“以人定費”的形式，從“養人”轉變為“養事”;四是鼓勵與支持社會力量辦公益事業，對社會力量興辦公益事業的，在設立條件、資質認定、職業資格與職稱評定、税收政策和政府購買服務等方面與事業單位公平對待。
(七)管好盤活機構編制資源。在嚴格控制機構編制的前提下，按照“控制總量、盤活存量、優化結構、增減平衡”的要求，採取切實措施，核減職能減少、工作任務不飽和單位的人員編制。儘量把有限的編制資源向重大民生保障方面傾斜，向基層和一線傾斜，向關乎全局工作方面傾斜。