以1998年1月1日起全面執行《財政總預算會計制度》、《行政單位會計制度》、《事業單位會計準則》(試行)、《事業單位會計制度》為標誌，表明我國預算會計已擺脱計劃經濟體制下的模式，走上了建立適應市場經濟需要，具有中國特色、科學規範的預算會計模式的道路。近幾年，隨着財政管理體制改革的步伐加快，按照公共財政理論設計的預算管理模式已開始建立，預算編制、執行等環節的管理制度正在發生根本性的變化，預算會計的客體運行環境又發生了變化，因此，現行預算會計又面臨着新的問題與不足，需要進一步改革和發展。
一、我國現行預算會計存在的問題
我國現行預算會計包括財政總預算會計、行政單位會計和事業單位會計。從預算會計的適用範圍看，相當於國外的政府會計。自1998年實施新的預算會計制度以來，我國的預算會計環境發生了重大變化，我國以加強和規範財政管理為中心，在財政預算管理制度方面進行了一系列改革，包括編制部門預算、推行國庫集中收付制度、實行政府採購制度等。改革的實施使預算會計制度在核算內容上出現了許多新情況，原來的核算內容及核算方法已不能適應新的變化，迫切需要對預算會計制度進行進一步修改和完善。另外，從政府會計改革的趨勢看，由於我國預算會計仍採用收付實現制，與國際通行做法存在較大差異，在執行中也暴露中一些深層次的問題。
1、現行預算會計不能真實、完整地核算和反映實施國庫集中收付制度和政府採購制度後出現的新業務
國庫集中收付制度和政府採購制度的實施，使財政資金的流向發生了重大變化，如預算單位用於發放工資、購建固定資產、購買材料及服務等所需要的財政資金不再由財政通過主管部門撥入用款單位，而是由財政部門從單一賬户或採購專户按規定程序直接撥入職工工資賬户或直接撥付給提供商品或服務的供應商，行政、事業單位收到的財政資金不再表現為貨幣資金，而是一方面表現為收入的增加，另一方面表現為費用的增加(如工資支出等)或非貨幣性資產的增加(如存貨、在建工程、固定資產等)，這就需要對行政單位和事業單位會計制度規定的核算內容進行相應的修改。同樣，在財政總預算會計中，也要核算和反映這一資金流向的變化。儘管財政部已針對改革試點情況在預算會計制度中作了一些相應的修改，並制定了試點核算辦法，但是，該辦法僅適用於中央試點單位，不適用於地方財政和所屬預算單位，目前，各地區均在開展財政支出方面的改革試點，如“集中核算”、“集中支付”等形式，由於我國實行的是全國統一的會計制度，而試點辦法又沒有兼顧地方做法，不利於各地開展會計核算。另外，由於尚未突破收付實現制基礎,試點辦法也不盡完善，例如，在採購材料物資過程中，可能出現不同的情況，有的材料物資已到，但發票賬單未到；有的發票賬單已到，但材料物資未到；有的可能採取一次付款方式；有的可能採取分期付款方式，等等。這樣，在行政、事業單位的會計上遇到的問題是何時確認購入的資產？購入資產按什麼金額入賬？在總預算會計上遇到的問題是何時確認財政支出？支出按什麼金額入賬？在收付實現制下，行政、事業單位只能在實際收到撥款單據時按撥款金額確認和計量購入的材料物資，如果採購過程跨年度，則不能完整反映該項經濟業務活動；在收付實現制下，總預算會計只能在實際撥款時按撥款金額確認和計量財政支出，如果在年末時，採購已基本完成，但款項尚未付清，或按照採購合同須扣留部分保證金，則在年末會形成財政資金結餘，這種會計處理不能真實反映預算執行情況。
2、現行預算會計不能為編制部門預算提供相關的會計信息
從表面上看，編制部門預算似乎與預算會計沒有大的關係，但從實質上看，預算會計信息是編制部門預算時的一個重要依據，是編制部門預算的基礎。我國的預算編制正在以“零基法”取代“基數法”。在傳統的“基數法”下，按照基期年的支出基數簡單地加上一個增長比例確定各部門的支出指標，因而，在決策時不需要過多的會計信息，在這種情況下，傳統的會計核算基礎存在的弊端也沒有顯現出來。但在“零基法”下，一切從“零”開始，主要根據各部門的職責、佔用的經濟資源、人員配備等客觀因素來確定資金使用額度，因此，編制“零基預算”，除了有核定編制、制定標準定額等相關配套制度外，摸清各部門的“家底”、充分了解各部門資源佔用和使用情況，具有十分重要的作用，如果沒有可靠的會計信息，就無法編制“零基預算”。我國的行政、事業單位長期以來在使用預算資金、開展公務活動中形成並擁有大量的房屋、建築物等固定資產，許多事業單位如科研、高校、醫院等單位還擁有相當數量的股權投資。由於我國的預算會計主要側重於財政資金的收支核算，對各單位佔用的大量長期資產關注不夠，固定資產的建造和使用在管理上脱節，先由建設單位完成基建任務，項目竣工後再由建設單位移交資產使用單位。固定資產的建造並不在行政、事業單位的賬簿中登記和反映，只有辦理竣工驗收交接手續後方可予以登記。在實際工作中，行政、事業單位因基建形成的固定資產存在登記不及時、甚至不入賬等情況；即使已入賬的固定資產，按現行制度規定不計提折舊，無法反映固定資產的使用情況，虛增了資產價值。行政、事業單位長期資產的核算存在賬目不實、資產虛增等問題，不能真實、完整反映各單位佔用的經濟資源及使用情況，難以為編制部門預算提供清楚的“家底”。
3、現行預算會計不能全面、完整地揭示政府債務的真實信息
近年來，我國實施積極的財政政策，發行了大量的國債，我國還從世界銀行等國際金融組織及外國政府借入了相當數量的外債，這些債務均為政府的現實負債，應當在財務會計報告中予以反映。但是，現行預算會計不能提供這方面的完整信息。由於現行預算會計以收付實現製為核算基礎，財政支出中只反映當期實際的還本付息數，但不能計提利息支出，政府的負債只反映當期本金數，沒有反映應由本期負擔、以後年度償付的利息數。在我國的一些西部地區，地方政府欠發工資問題並沒有根本解決，這些應付未付的工資也沒有在預算會計報表中反映出來。另外，一些地方政府為企業提供擔保等事項時有發生，這些或有事項形成的或有負債也沒有予以充分披露。在收付實現制下，政府的這些債務被“隱藏”了，不能真實地反映政府的財務狀況，誇大了政府可支配的財政資源，造成虛假平衡現象，不利於政府有效監控財政風險、評估財政狀況，對財政經濟的持續、健康運行帶來隱患。
4、現行預算會計不能提供完整、透明的政府會計信息
自1998年以來，全國人大加大了對財政的監督，審計署連續公佈1999--2004年度的財政審計報告，政府預算及相關信息引起了全社會的廣泛關注，社會公眾對政府會計信息的完整性和透明度提出了新要求。雖然我國的財政總預算會計、行政單位會計和事業單位會計各有一套會計報表，並提供彙總的會計報表，但各套報表自成體系、分別編報，無法通過彙總生成政府整體的合併資產負債表，沒有一套能夠完整地反映各級政府的資產、負債和淨資產全貌的合併會計報表。現行預算會計雖然提供關於政府整體的預算報告（包括未來財政年度的預算收支報告和預算執行情況的報告），但由於許多類別的財政交易（例如政府基金和預算外交易）並未包括進來，這些報告並不是完整意義上的政府整體的預算報告。另外，長期以來，我們只強調預算會計為預算管理服務，預算會計是預算管理的工具，因而造成預算會計僅側重預算資金的收入、支出及結存的核算，財政每年向人大提交的財政預決算報告也主要是針對財政收支及預算執行情況，對於使用財政資金所形成的龐大的固定資產及其使用情況、政府舉借的債務以及還本付息情況、或有負債、税式支出、預算資金的使用效果等缺乏有關的信息披露，不僅立法機關、審計機關和社會公眾難以進行監督，財政部門自己也缺少了宏觀決策所需的重要信息。
5、現行預算會計不能適應政府投融資體制改革的要求
近年來，我國財政投融資體制的市場化進程不斷推進，政府投融資主體多元化，隨着私人部門介入公共領域，對政府部門會計信息的透明度和準確性提出了更高的要求，一方面要求實現與政府部門會計信息的可比性，另一方面要求政府部門提供充分的信息來對成本進行計價、核算和比較。
6、現行預算會計不能適應WTO及國際競爭的要求
中國的入世關鍵是政府的入世，經濟全球化使政府變成了企業或使政府企業化，既然是企業，當然就要按企業規則辦事，這樣才能生存和發展，而企業會計核算確認基礎是權責發生制，因此以收付實現製為核算基礎的現行預算會計不能較好適應政府公共管理的要求，不能實現以績效為導向的管理。
二、改革我國現行預算會計的對策
隨着社會主義市場經濟體制的完善和公共財政框架的構築以及部門預算、國庫集中支付制度、政府採購制度等改革的不斷深入，現行預算會計的弊端和不足越發顯現，必須對現行預算會計進行改革，從中國的實際出發，參照發達國家預算會計實踐的成功經驗，發展更為全面的預算會計。
1、重新構造預算會計體系
現行的預算會計體系（狹義）包括：財政總預算會計、行政單位會計、事業單位會計。但隨着預算管理制度的改革，我國預算會計體系將向“政府和非營利組織會計”發展。我國可以借鑑發達國家對企業會計和非企業會計的劃分方法，即按照單位活動的目的（而不是組織類別）的不同進行分類。對於不以營利為目的的非企業會計則可以按照其核算重點的不同進一步劃分為政府會計和非營利組織會計。應對我國現行預算會計從整體框架上進行全面改革，研究制定我國政府會計、非營利組織會計核算制度和財務會計報告制度。預算會計體系在近期應由政府會計和事業單位會計構成，在遠期應是政府會計體系，其中政府會計包括財政總預算會計和行政單位會計，財政總預算會計和行政單位會計是總和分的關係；事業單位會計在近期應納入非營利組織會計，在遠期應向企業會計靠攏。把政府作為會計與財務報告主體，引入“債權制”和“受託責任”概念。我國政府財務報告應當提供全面反映政府業績和財務受託責任的財務及非財務信息，披露預算情況、國有資產、政府採購基金、社會保障基金等方面的信息。
2、逐步轉向權責發生制會計基礎
權責發生制是使用者評價政府財政受託責任履行情況的必要手段，也是新公共管理體制下政府會計的改革方向，發達國家不同政府會計模式都不同程度地採納了這一會計基礎。根據權責發生制原則，收入只有在政府提供服務時才加以確認，而且在政府接受服務以後，就應該將相應的義務確認為當期費用，並將其作為債務列入資產負債表，這樣，政府的財務報告就可以完整地反映政府的財政狀況和運行成果；同樣，權責發生制要求在資產負債表上確認所有的經濟資源，如新西蘭將高速公路和其他基礎設施確認為資產，並確認了其折舊費用，這樣就會使政府更加註意其對有關資產的管理和維護，更好地認識未來的短期債務、更好地管理基礎設施、更有效地重新分配預算。我國預算會計會計基礎應是漸進式轉變，先事業單位會計後政府會計，先報告系統後預算系統，先個體後整體，先地方後中央。在我國政府會計改革的初期，我們可以考慮借鑑德法模式的修訂的收付實現制，即首先確認應收賬款和應付賬款，實現收入和支出在各個期間的平衡，明確政府當期的受託責任履行情況。
3、改進完善政府會計信息體系
任何會計系統的基本目標都是提供信息以滿足使用者的需要。財務報告是滿足各類使用者信息需要的基本工具，因為不同類別的使用者均需要通過財務報告獲取報告實體的相關信息。政府會計報告系統必須設計成能夠滿足不同使用者的需要。然而，現行預算會計報告系統提供的信息不全面、不完整、不透明，不能滿足報告使用者尤其是外部使用者的需要，應當加以改進。在改進現行會計報表結構、項目的基礎上，增加編制現金流量表和政府整體的合併會計報表。完整的政府會計信息體系包括：及時提供有關政府支出和成本的可靠信息，以幫助政府部門進行決策和控制支出；及時進行內部審計和獨立的外部審計，並編制審計報告；將會計系統與計劃、預算、現金和債務管理及審計系統相結合；報告有關非現金資源的信息（資產、負債、人力資本）；報告有關政府產出或政府政策後果的信息，促使政府提高工作效率，加強成本管理；編制政府各部門和政府整體的財務報告等。