簽訂就業協議書要遵循以下程序：
第一步，由乙方，即由畢業生填寫的自己的相關消息。要如實填寫，要與畢業生資格審查時認定的信息資料相一致。其中專業名稱必須與學校設置的專業名稱完全一致，不能簡寫。填寫後交給甲方。
第二步，由甲方，即由用人單位填寫相關信息和簽署約定條款。用人單位信息中的單位名稱要與用人單位有效印鑑上的名稱一致;檔案轉寄地址，要寫清楚用人單位的人事保管單位的全稱和地址，無人事檔案保管權的單位應填寫其委託保管檔案的地址;入户地址，即户口遷移地址，要明確填寫;雙方約定的條款細則要寫清晰具體;“用人單位或人事部門簽章”，不得缺項。
第三步，用人單位上級主管部門或用人單位所屬地人力資源部門簽章。此項簽章主要是為檔案寄存和户口遷移之用。公有制單位通常有上級主管部門，但這裏所指的“上級主管部門”是指享有進人指標和户口指標的省一級單位或政府所在地的中央直屬單位，是以下單位的主管部門通常沒有進人户口指標。非公有制單位的上級主管部門通常是指管理其單位員工人事關係的政府所屬人力資源服務機構。因此，只要牽涉到畢業生户口檔案關係轉移的，都要到人力資源管理部門或其授權委託的部門簽章，並辦理接收函。
第四步，見證方簽署意見，即系和學校簽署意見。畢業生與用人單位在“四方協議”上簽字蓋章。協議已經成立，系和學校簽證是為了保障畢業生的權益和監督協議雙方守約，也是為了辦理畢業生報到證和落實畢業生户口檔案事項。畢業生必須將簽好的就業協議書送回系裏簽署意見，後送校大學生就業指導中心審核並蓋章。目前，如果不牽涉户口轉移而內容有合法的，由系裏簽署意見就可以。在畢業生就業形勢嚴峻和畢業生實習分散又有《勞動合同法》制約的特殊情況下，為了方便畢業生，有時系和學校先在四方協議上籤了章。
第五步，“四方協議”由系和學校蓋章登記後，學校留取一份，畢業生要將一份送交系裏，一份送人事單位，一份由畢業生自己留存。如果畢業生在外地實習，可將簽好的就業協議書的第三聯郵寄給系裏。